Commissions et Départements
Les Commissions ont sous leur responsabilité des départements. Ainsi :

La Commission Doctrinale et Pastorale

Le CEBAM (Centre Biblique pour l’Afrique et Madagascar). Basé à Naïrobi, Kenya, il est chargé de l’apostolat biblique.

Le COMITHEOL (le Comité Théologique). Il a pour rôle de coordonner la réflexion théologique.

Le Comité Panafricain de Coordination pour le Laïcat. C’est l’organe de coopération et de formation du Laïcat.

La Commission Sociale et Juridique
Le CEPACS (Comité Episcoal Panafricain pour les Communications Sociales). Il a été fondé au cours de la réunion d’Ibadan (28 novembre – 3 décembre 1973). Son rôle est de coordonner, animer et stimuler la pastorale des médias catholiques. Il est chargé aussi de donner une bonne information sur le SCEAM.

Le Secrétariat Régional pour l’Education Catholique

La commission Financière et Administrative
La comptabilité

Les autres comités
Le CAIA (le Comité pour les Affaires Internes Africaines). C’est une cellule d’appréciation des situations politiques, diplomatiques et sociales africaines en vue de permettre au SCEAM d’avoir une parole pertinente à l’occasion.

La RCA (la Rencontre de Collaboration Africaine). Elle est une structure de réflexion et d’étude entre les instituts religieux diocésains ou internationaux travaillant en Afrique et le SCEAM.

Les 10 conférences épiscopales régionales
L’ACEAC : Association des Conférences Episcopales de l’Afrique Centrale,
L’ACERAC : Association des Conférences Episcopales de la Région de l’Afrique Centrale
L’AECAWA : Association of the Episcopal Conferences of Anglophone West Africa,
L’AHCE : Association de la Haute Hiérarchie Catholique d’Egypte,
L’AMECEA : Association of Member Episcopal Conferences of Eastern Africa,
La CEDOI : Conférence Episcopale de l’Océan Indien,
La CERAO : Association des Conférences Episcopales de l’Afrique de l’Ouest Francophone,
La CERNA, Conférence des Evêques de la Région Nord de l’Afrique,
IMBISA : Inter-religious Meeting of Bishops of Southern Africa,
MADAGASCAR.